La Organización del Ministerio de Agricultura y Ganadería comprende las unidades siguientes:

Despacho Ministerial

Unidades Asesoras

• Oficina de Planificación Agropecuaria (OPA)
• Oficina de Políticas y Estrategias (OPE)
• Oficina de Asesoría Jurídica (OAJ)
• Oficina de Auditoría Interna (OAI)

Unidades de Apoyo

• Oficina General de Administración (OGA)
• Oficina Financiera Institucional (OFI)
• Oficina de Adquisiciones y Contrataciones Institucional (OACI)
• Oficina de Proyectos y Cooperación Exterior (OPC)
• Oficina de comunicaciones (ODC)

Unidades Operativas

• Dirección General de Agronegocios (DGA)
• Dirección General de Economía Agropecuaria (DGEA)
• Dirección General de Sanidad Vegetal y Animal (DGSVA)
• Dirección General de Pesca y Acuicultura (CENDEPESCA)
• Dirección General de Ordenamiento Forestal Cuencas y Riego (DGFCR)

Instituciones Oficiales Autónomas

• Centro Nacional de Tecnología Agropecuaria y Forestal (CENTA)
• Escuela Nacional de Agricultura (ENA)
• Instituto Salvadoreño de Transformación Agraria (ISTA)
• Banco de Fomento Agropecuario (BFA)