El sitio web del Ministerio de Agricultura y Ganadería tiene una estructura de navegación a través de seis menús, los cuales se detallan a continuación:

Institución:

Esta sección contiene la información relacionada con la estructura organizativa de la institución, su historia, misión, visión, marco normativo, áreas internas y enlaces con otras instituciones gubernamentales, así como con organismos cooperates.

Servicios:

Aquí se incluye los servicios brindados por la institución, trámites, contactos, tarifas, la información es publicada por medio de fichas y en línea,  cuando el servicio pueda realizarse por este medio.

Temas:

En esta sección se publican temas de interés del agro, contiene resultado de investigaciones, documentos, proyectos, entre otros.

Novedades:

Se encuentra toda la información que tenga una vigencia limitada. Por ejemplo noticias recientes, boletines o publicaciones.

Contáctenos:

Ofrece a la población de forma sencilla la posibilidad de comunicarse con funcionarios y empleados de la institución, discutir temas en los foros, la ubicación de las oficinas y la carta de derechos de los usuarios.

Ayuda:

Incluye información y herramientas que el usuario puede utilizar para encontrar dentro de la información publicada en el sitio lo que necesite.